Dans les années 1600, John Blackthorne, un navigateur anglais, aborde aux côtes du Japon. Pour lui l’aventure commence dans ce pays inconnu, en proie à de sauvages divisions féodales tandis que s’accomplit l’irrésistible ascension de Toranaga qui deviendra « Shogun », le dictateur, le maître du Japon.
D’une foule de personnages infiniment vivants et divers, se détache la figure de la très belle Mariko épouse d’un samouraï qui s’éprend de Blackthorne. Ils vivront ensemble un amour passionné et violent où se mêlent guet-apens, intrigues cruelles et assassinats.